İç Denetim Biriminin başlıca görevleri şunlardır:

• Kurumun mesleki ve idari her türlü faaliyeti ile ilgili iç denetim yönergesini, diğer birimlerin de görüşlerini almak suretiyle Strateji Geliştirme, Düzenleme ve Bütçe Dairesi ile koordinasyon içerisinde hazırlamak.
• İç denetim yönergesi çerçevesinde Kurumun denetimini gerçekleştirmek.
• İç denetime ilişkin olarak periyodik raporlama yapmak.
• Kurum hizmet birimlerindeki iç denetim ve kontrol prosedürlerinin geliştirilmesinde ve uygulanmasında destek vermek.
• Kurumun iş ve işlemleri, işleyiş prosedürleri, görev ve yetkileri, iç ve dış paydaşlarla ilişkileri, birimlerin ve personelin performans düzeyi ile mevzuat konuları başta olmak üzere kalite güvence sistemini Strateji Geliştirme, Düzenleme ve Bütçe Dairesi ile koordinasyon içerisinde ve diğer birimlerin görüşünü almak suretiyle kurmak, işletmek ve geliştirmek.
• İç denetim faaliyetlerinin değerlendirilmesi, kamu iç denetim standartları ve etik kurallarına uygun olarak yürütülmesi ve iç denetim faaliyetlerinin geliştirilmesi için kalite güvence ve geliştirme programı oluşturmak, uygulamak, geliştirmek, faaliyetlerin sonuçlarını izlemek ve yapılan değerlendirme sonuçlarını Başkana sunmak.
• Kurumun faaliyet alanı ile ilgili riskli, stratejik ve öncelikli iş, işlem ve sektör/piyasa, değerlendirme ve analizlerin koordinasyon içerisinde belirlenmesini sağlamak, takip etmek ve gelişmeleri raporlamak.
• İç denetim faaliyeti sonucu düzeltici işlem veya tavsiyelerde bulunmak.